高校主持国家重大科技攻关项目是高校有组织科研的重要实践，协同创新是解决跨学科问题的关键路径。本文以某“双一流”高校主持的6个国家重大科技攻关项目为研究对象，采用质性研究方法基于协同理论和三螺旋创新理论的分析框架系统探讨了协同创新的机制与路径。研究表明，跨域耦合和知识界面重构是协同创新的关键路径，有助于解决复杂的跨学科问题，推动科研团队在技术创新和理论发展上的突破，并构建了从理论创新、技术研发到产业应用的闭环。研究发现，跨学科接口作为资源和知识整合的关键节点，实现了学科间的高效协作；多层次的虚实合作网络有效整合了校内外资源，形成了以高校为核心的大学术共同体，推动了项目协同创新。同时，科技攻关项目需综合考量经济、社会、环境等多维因素，推动技术、市场与社会的深度融合。首席科学家在项目战略引领和资源整合中发挥了核心作用，博士生在跨学科协同中发挥了知识桥梁和媒介作用，推动了学科间的深度融合。高校通过文化建设、跨学院兼职、绩效考核改革等机制为跨学科协作提供了保障。本文提出了强化交叉平台建设、优化资源配置、开展跨域人才培养、促进产学研用协同的政策建议。